從以往記錄來看，使用子域名與子目錄的時間幾乎是對等的。順便提示一下，在一個象subdomain.example.com/subdirectory/ 的網址中 ，子域名是"subdomain"，子目錄是"subdirectory" （有時也被稱為文件夾）。如果您還不清楚，你也許可以閱讀一下我的<u>“一個URL的組成部分的輔導材料</u>。
如果你把你的內容放在子目錄里，通常的原則是所有信息都存儲在同一空間里。這可以使找到/編輯/更改代碼變得很容易。同時，它也不難把代碼從一個地方移到另一個地方。然而，一個子域名往往是一個域名系統（DNS）的別名。子域名的設置對網絡管理員新手來說可能有點難，特別是如果"CNAME"對你來說不意味著任何意思。子域名可以分開管理，對你來說可以是一個好事（如果你想轉移你網站的一部分，你可以使用DNS來和子域名脫鉤），也可以是個頭疼的事（DNS 的設置相當麻煩，不像使用子目錄一樣僅僅使用幾個命令就可以建立或移動目錄）。以我為例，當我開始建我的博客時，我決定用一個子目錄（mattcutts.com/blog/），僅僅是想使事情變得簡單。
幾年來，Google使用了一個所謂的"密集主機（host crowding）"算法，它意味著，對一個域名的每個主機名(hostname)或子域名，Google至多顯示兩個結果。這種辦法（從一個子域名內顯示1-2個結果）一直運行非常良好，但我們也收到這樣的投訴：對一些類型的搜索（如生僻或長尾搜索），Google的一個搜索頁面上可能出現很多結果都來自同一個域名的情況。在過去幾個星期里，我們改變了我們的算法，使這一現象<strike>在未來</strike>再也不太可能發生。
這一變化并不會徹底改變有些搜索結果全部來自同一域名的情況;如果某個域名相關性確實非常強，我們仍可能從那個域名中返回多個結果。舉例來說，如果一個搜索是[<u>ibm</u>]，用戶可能確實喜歡并想看到從<u>ibm.com</u>的結果。注意我們的算法變化是一個相當微妙的變化，并沒有影響到我們絕大部分的搜索。事實上，這種變化已經存在了幾個星期左右，到現在也沒有人注意到。:)我在PubCon上談及此變化的唯一原因是因為有人想聽聽我對子域名與子目錄的意見。
對子域名和子目錄，我個人更喜歡子目錄。這是因為我通常傾向于子目錄為我的大部分內容提供的方便。一個子域名可有效分離出完全不同的內容。例如，Google為完全不同的產品使用子域名，例如 news.google.com或maps.google.com。如果你是一個網絡管理員或搜索引擎優化業者新手，我建議你使用子目錄，直到你對你的網站結構有足夠的信心。在這一點上，您將可以對你的網站有更好的理解，從而作出正確的決定。